Lisbon là một trong số những thành phố có tuổi đời lâu nhất tọa lạc ở phía Tây Châu Âu. Sau khi người Celt (còn gọi là người Xen-tơ hay người Keo) di chuyển tới đây và định cư thì vùng đất này đã được khai phá bởi người Phoenicia. Họ đã đặt tên cho nơi này là Ulissipo và sau đó bị người Hy Lạp cùng người Carthage chiếm giữ. Vào năm 205 trước Công nguyên (TCN), Đế quốc La Mã đã chiến thắng người Carthage trong trận chiến Punic lần thứ 2, thay họ thống trị thành phố rồi đổi tên thành Olissipo. Olissipo, hay còn được gọi là Lisbon thời cổ đại, được sáp nhập vào Lusitania - 1 tỉnh nhỏ thuộc Đế chế La Mã nhưng khi Đế chế này sụp đổ, nơi đây lại tiếp tục bị xâm chiếm bởi các bộ lạc German (Giéc-manh) và bị thống lĩnh bởi Vương triều Suebi đến năm 585.

Vào năm 711, nhóm người Hồi giáo Moor xâm chiếm bán đảo bao gồm cả Lisbon rồi đặt lại tên cho thành phố này là al-Usbuma. Năm 789, Alfonso Đệ nhị - 1 vị Vua lỗi lạc của Vương quốc Asturias, đã quyết tâm đứng lên chỉ huy các cuộc tái chiếm hữu thành phố Lisbon cho đến năm 808. Sau cùng, các Kitô hữu đã giành lại được Lisbon vào năm 1147, do Vua Afonso Đệ nhất trị vì cùng với sự trợ giúp đến từ hạm đội của cuộc Thập tự chinh lần thứ hai.

Dưới triều đại của Vua Afonso Đệ tam, Lisbon trở thành một trong những bàn đạp vững chắc cho sự bành trướng, sự phát triển vượt bậc về nền kinh tế hàng hải của Bồ Đào Nha. Đây cũng là một trong những yếu tố góp phần tạo nên bộ luật hàng hải được phát triển và ban hành bởi Vua Ferdinand Đệ nhất thời bấy giờ. Vị Vua Afonso Đệ tam sau đó đã xúc tiến dời đô từ Coimbra sang Lisbon.

Vào cuối thế kỷ XIV, các thương nhân thuộc chế độ quyền lực tập trung được đưa lên cầm quyền nhà Aviz (Vương triều thứ hai ở Bồ Đào Nha) và dưới sự trị vì của họ, Lisbon dần trở nên thịnh vượng hơn bao giờ hết.

Kể từ thế kỷ XV trở đi, hải cảng tại Lisbon trở thành một trong những hải cảng sầm uất và phát triển nhất trên thế giới. Trong khoảng thời gian này, Casa da Guiné e Mina (một tổ chức thương mại về kho hàng hóa và Cục hải quan ở Bồ Đào Nha) đã được thành lập ngay tại thủ đô. Cơ quan sẽ đảm nhiệm công việc điều hành, quản lý mọi vấn đề về xuất nhập khẩu nhằm làm cho Lisbon trở thành một vùng kinh tế trọng điểm gắn liền với đường bờ biển Cape Verde. Sự phát triển hưng thịnh của Lisbon đã thu hút cư dân khắp nơi từ Genoa, Flanders đến Mallorca. Những hiểu biết sâu rộng về đại dương và ngành hàng hải của họ đã lan tỏa một sức ảnh hưởng không nhỏ đến triều đình của Hoàng tử Henry - một nhà hàng hải có danh tiếng thời bấy giờ.

Vào thế kỷ XVI, Casa da India (một tổ chức thương mại do nhà nước Bồ Đào Nha thành lập trong Thời đại Khám phá) bắt tay vào công việc kinh doanh cùng với Châu Á, Châu Phi và Brazil. Nhờ sự hợp tác ăn ý giữa các nước, Lisbon không những được thúc đẩy tăng trưởng về mặt kinh tế mà còn trở thành trung tâm trao đổi, buôn bán nô lệ lớn nhất Châu Âu.

Năm 1580, Công tước xứ Alba chiếm lĩnh Bồ Đào Nha và Vua Philip Đệ nhị (người Tây Ban Nha) đã được công nhận là người trị vì đất nước này. Chưa đầy một trăm năm sau, vào năm 1640, hòa bình được lập lại và Brazil - thuộc địa lớn nhất cả nước, đã làm cho nền kinh tế Lisbon thay đổi một cách ngoạn mục, trở thành một thành phố giàu mạnh, phồn vinh.

Ngày 1/11/1755, Lisbon phải hứng chịu một trận động đất với sức tàn phá khủng khiếp. Sebastião José de Carvalho (vị Hầu trước đầu tiên ở Pombal) đã tận dụng nền kinh tế dồi dào của bang Minas Gerais - một trong số những bang giàu mạnh nhất Brazil, để tái thiết và gầy dựng lại trung tâm thành phố Baixa tại Lisbon bằng những đại lộ mang phong cách cổ điển.

Thành phố sau đó bị nắm giữ bởi Napoleon vào năm 1807, nhưng được người Anh chiếm lại dưới sự chỉ huy của vị tướng Wellington.

Năm 1833, chế độ quân chủ lập hiến được phục hồi và tồn tại cho đến năm 1910, khi chế độ cộng hòa được thiết lập, chấm dứt giai đoạn nhà nước quân chủ lập hiến tại Lisbon.

Sau sự kiện Đệ nhất Cộng hòa Bồ Đào Nha sụp đổ vào năm 1926, đảng bảo thủ chống dân chủ đứng lên nắm quyền, thành lập Nhà nước mới (Đệ nhị Cộng hòa) do Anónio de Oliveira Salazar đứng đầu. Cho đến ngày 25/4/1974, một cuộc đảo chính quân sự đã diễn ra dưới sự lãnh đạo của tướng Spinola và cuối cùng đã thành lập nên Đệ tam Cộng hòa. Cuộc đảo chính này không hề đem lại bất kỳ thương vong nào còn được biết đến với một tên gọi đặc biệt: Cách mạng hoa cẩm chướng. Suốt nhiều năm sau đó, Lisbon có những chuyển biến tích cực nhờ những làn sóng nhập cư giúp cho thành phố ngày càng phát triển hưng thịnh, bền vững.

Trong Chiến tranh Thế giới thứ Hai, Lisbon trở thành nơi ẩn náu cho những ai đang chịu cảnh lưu đày từ nhiều nơi đang bị phe Trục (Rome–Berlin–Tokyo) thống lĩnh. Từ Lisbon, họ có thể vượt biên bằng tàu thuyền sang Hoa Kỳ hoặc đảo Anh.

Năm 1986, Bồ Đào Nha ký kết Hiệp ước, trở thành nước thành viên của Liên minh châu Âu. Mười hai năm sau đó, tức năm 1998, Lisbon đăng cai làm nước chủ nhà của Triển lãm Thế giới (World Expo). Đây là một sự kiện quan trọng đánh dấu cột mốc thay đổi toàn bộ cảnh quan đô thị ở thành phố thủ đô hoa lệ mang tên Lisbon.